従来の日本脳炎ワクチンはマウスの脳から作成されていましたが2004年夏に、ワクチンを接種した中学生が重篤な急性散在性脳脊髄炎（ADEM）を発症し、因果関係が否定できないと認定されたことから積極的な接種が見送られました。

現在はマウス脳を使用しない培養細胞ワクチンが開発され、切り替わっています。

引用：niid.go.jp/niid/ja/typhi-…

HPVワクチンはワクチン接種後の慢性疼痛などの報告があり、一時的に”積極的な接種勧奨”が中止されましたが、その後、思春期特異的な症状、針を刺した痛みの刺激や不安（心身の反応）が原因との調査結果を受け、積極的勧奨が再開されました。

引用：tsujido-kodomo.com/blog/post-81/

薬の種類にもよりますが、処方された薬の使用を途中でやめた場合、薬が中途半端に効いた状態になることで薬剤耐性菌が増え、病状の悪化を引き起こしたり最悪の場合は死に至る危険もあるので行ってはいけません。
【資料】どのように耐性化するのか
amr.ncgm.go.jp/general/1-2-1.…
薬剤耐性菌Q&A - 東京都感染症情報センター
idsc.tmiph.metro.tokyo.lg.jp/diseases/resis…
日本感染症学会:耐性菌の現状と抗菌薬開発の必要性を知っていただくために
kansensho.or.jp/uploads/files/…

また、肺炎は場合1度症状が良くなっても、原因菌が残っており症状が再発する場合があります。耐性菌の増殖を防ぐため処方された薬は飲み切ることが重要です。
【参考】
tm-naika.jp/%E8%82%BA%E7%8…

加熱により害が無くなる、と誤解を与えかねない表現に注意が必要です。

＞黄色ブドウ球菌は食品中で増殖すると、エンテロトキシンと呼称される毒素を産生し、ブドウ球菌食中毒の原因となる。

と、あるように毒素型食中毒であり、また

＞黄色ブドウ球菌は加熱により死滅するが、耐熱性であるエンテロトキシンが食品中に検出される食中毒事例も、数は少ないが報告されている。

と、あるように加熱しても毒性が残るものである事が明記されています。

niid.go.jp/niid/ja/kansen…